Die Versuchsschule wird vom Leiter/der Leiterin des Oberstufen-Kollegs (Kollegleiter:in) geleitet. Gemeinsam mit den Leiter:innen der Sachbereiche Pädagogische Leitung und Organisation, sowie den Koordinator:innen der Eingangs- und Hauptphase bilden sie die fünfköpfige Kollegleitung.

Die wichtigsten Mitwirkungsgremien sind der Lehrer:innerrat, der Elternrat und der Kollegiat:innenrat. Diese senden Delegierte in die Schulkonferenz. Außerdem gibt es die gemeinsame Leitung aus der Wissenschaftlichen Leitung und der Schulleitung.

Die Schulkonferenz, der neun Lehrende, sechs Kollegiat:innen und drei Vertreter der Eltern angehören, berät über Anregungen und Vorschläge, z.B. für die Ausschreibung und Besetzung von Stellen, und entscheidet in Grundsatzfragen der Gestaltung des Unterrichts und des Schullebens.

Die Lehrer:innenkonferenz, der alle Lehrenden sowie die Sozialarbeiter:innen angehören, ist der Ort der Meinungsbildung des Kollegiums in allen wichtigen Fragen der Einrichtung.

Die Gemeinsame Leitung fördert und steuert die notwendige Zusammenarbeit von Oberstufen-Kolleg (OS) und Wissenschaftlicher Einrichtung (WE).  Sie entscheidet über  die langfristigen Arbeits- und Entwicklungsschwerpunkte des OS und der WE, den Forschungs- und Entwicklungsplan, die Deputatsentlastungen für die Lehrer:innen des OS zur  Durchführung der Forschungsprojekte und die Verteilung der Mittel im Rahmen des Versuchsschulzuschlags.

Mitglieder der Gemeinsamen Leitung sind der/die Wissenschaftliche Leiter:in der WE, der/die Leiter:in des OS, drei Mitglieder der WE und  drei Mitglieder des OS

Die vielfältigen Entwicklungs- und Forschungsprojekte des Oberstufen-Kollegs werden im Forschungs- und Entwicklungsplan (FEP)  festgehalten, der von der Gemeinsamen Leitung verabschiedet und zweijährlich fortgeschrieben wird.